奇蹟男孩 Wonder 奧古斯特·「奧吉」·普曼(雅各·特倫布雷 飾)是個小男孩,跟父母與姐姐居於紐約曼哈頓上城的北河高地。奧吉因罹患罕見的崔契爾-柯林斯症候群(英語:Treacher Collins syndrome)(TCS),以致出生時臉部畸形。由於多年來多次進出醫院接受手術,奧吉在家接受教育,由母親伊莎貝爾(茱莉亞·羅勃茲 飾)和父親納特(歐文·威爾森 飾)負責教導。但隨著奧吉接近入讀中學的年紀,伊莎貝爾和納特決定讓奧吉入讀一所主流的私立學校,好讓他為入讀中學作準備。在父親的幫助下,奧吉試圖在新學校中向大家證明他只是個普通的小孩。
起初,奧吉幾乎被學生們排斥,但他很快結識了一個名叫傑克的男孩。在萬聖節當日,奧吉戴著「鬼臉」的面具,而他穿著「波巴費特」的服裝是因為他的小狗「黛西」。同學們無法識別他,他知道自己隱身走遍了學校周圍就不會受到折磨。當他走到課室門前,他無意中聽到傑克告訴同學朱利安指他「只是假裝跟奧吉當朋友」。奧吉當刻感到被背叛,他在「給糖不然就搗蛋」的期間心情納悶得選擇留在家中,但他的姊姊奧利維亞(伊莎貝拉·維多維奇(英語:Izabela Vidovic) 飾)卻說服了他。奧吉後來把那件事告訴他另一個朋友—一個叫森瑪的女孩,但要求她發誓要保密。當傑克留意到奧吉變得安靜而跟他有距離時,他問森瑪為甚麼,但她只能說的線索就是「鬼臉」。傑克驚訝地發現奧吉當天就是穿著鬼臉的服裝,從而就聽到他與朱利安的對話。當朱利安說奧吉是個「怪胎」時,傑克憤怒地向他的臉揮拳,繼而兩人之間發生了一場打鬥,很快被他們的班主任和另一位老師分開。傑克因這件事被停學兩天,他向奧吉道歉,二人和解。
在學期中,奧吉不斷受到朱利安與朋友們—阿莫斯、邁爾斯和亨利的欺凌,他們在桌上留下帶有傷害性和威脅性的便條,並將刪去奧吉的班級相片貼在奧吉的儲物櫃上。校長圖什曼先生把所有證據帶到朱利安及其父母面前,朱利安的母親宣稱她已將奧吉編輯出來,因為她不希望人們只關心奧吉與他的家人,而是應該多關心朱利安。她還威脅著說要撤回學校的資助,但校長依然要求朱利安停課兩天,期間課堂及大自然日仍然繼續進行。當朱利安與他的父母離開時,懊悔的朱利安即將失去他所有的朋友,他向校長表示對奧吉的行為感到歉意,圖什曼先生自豪地接受。
與此同時,維亞(奧利維亞)在好朋友米蘭達疏遠她,後來失意的她報名參加了戲劇學會,期間她認識了賈斯汀,並與她建立起密切的友誼,繼而發展成情侶關係。後來,維亞被選為學校的舞台劇《我們的城市(英語:Our Town)》的後備主角,而作為主角的米蘭達意識到自己對維亞的虧欠,於是她假裝生病以讓維亞取代她成為主角來表演,讓她在舞台上獲得全場起立鼓掌。
在大自然日,奧吉和傑克被另一所學校的七年級學生騷擾,期間阿莫斯、邁爾斯和亨利前去作他們的防守。回到學校後,奧吉被同學們廣泛接受,包括改過後的朱利安。在學年結束的畢業典禮上,校長圖什曼先生宣布奧吉的傑出表現獲得年度獎章,奧吉獲得全場起立鼓掌。電影結束時,所有人都為奧吉鼓掌,而母親伊莎貝爾則稱他為「奇蹟」。
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